局机关内设科室有：办公室（政工人事室）、安全生产基础室、巡查督查室、危险化学品安全监督管理室、安全生产综合协调室（科技和信息化室）、政策法规室、防汛抗旱和综合减灾地震地质室、火灾防治管理室（救灾和物资保障室）8个内设机构。
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